Pondok Pesantren Madinatunnajah Kalimukti Cirebon didirikan pada tanggal 14 Pebruari 1989 M di atas tanah wakaf seluas 4 ha oleh Drs. KH. Mahrus Amin yang saat ini menjabat sebagai Ketua Yayasan Annajah. Beliau adalah seorang pejuang agama yang telah berhasil mendirikan Pondok – pondok Pesantren di seluruh Indonesia tidak kurang dari 42 buah. Dan beliau menginginkan agar di tempat kelahirannya di Desa Kalimukti Kecamatan Pabedilan Kabupaten Cirebon berdiri salah satu Pesantren yang terletak di rumah pusaka tempat kelahirannya sebagai kenangan atas perjuangannya.
Pada awal berdirinya Pesantren ini dikhususkan bagi santri yatim dan tidak mampu dari berbagai daerah di Indonesia. Sumber dana yang digunakan adalah bantuan dari donatur Timur Tengah dan donatur dalam negeri. Namun ketika krisis moneter melanda negeri ini satu persatu donatur dalam negeri mengundurkan diri sebagai kafil (orang tua asuh) dan donatur dari Timur Tengah juga tidak lancar. Sejak itulah Pondok Pesantren Madinatunnajah mulai membuka kesempatan bagi santri yang mampu membayar untuk ikut serta belajar di Pesantren ini. Namun demikian biaya yang dibutuhkan untuk biaya operasional termasuk makan santri sampai sekarang masih tetap kurang. Untuk itu kami mengajak kepada Kaum Muslimin untuk ikut menjadi kafil (orang tua asih) bagi santri yatim dan tidak mampu yang saat ini sedang menempuh pendidikan di lembaga ini.
Di kampus yang hijau dan nyaman karena terletak di daerah pedesaan ini para santri digembleng dan dididik dengan Pendidikan Pesantren Modern yaitu sistim pendidikan yang memadukan antara pendidikan umum dan pendidikan agama dengan membekali para santri untuk menguasai bahasa Arab dan bahasa Inggris sebagai unggulan.
Disamping itu para santri juga dibekali dengan berbagai keterampilan, Keorganisasian dan kemasyarakatan sesuai dengan Visi Pondok Pesantren Madinatunnajah yaitu Mencetak Kader Ulama, Zu’ama dan Aghniya.
Dengan visi tersebut Pondok Pesantren Madinatunnajah berusaha menerapkan sistim pendidikan terpadu secara klasikal dengan guru-guru yang kompeten dan berbasis pesantren. Sehingga para santri minimal mampu mengajar di lingkungan tempat mereka tinggal.
Untuk mencetak calon pemimpin (zu’ama), para santri dilatih berorganisasi baik di asrama, kelas maupun organisasi santri.
Untuk mencetak calon pemimpin (zu’ama), para santri dilatih berorganisasi baik di asrama, kelas maupun organisasi santri.
Kemudian dalam usaha mencetak calon wiraswastawan – wiraswastawan di masa yang akan datang (aghniya), para santri dibekali dengan berbagai keterampilan seperti agribisnis , komputer dan wawasan kewirausahaan.
Berbagai kegiatan ekstra kurikuler juga diajarkan seperti Pramuka, Pidato dengan menggunakan bahasa Indonesia, Arab dan Inggris, diskusi serta kegiatan lainnya sebagai penunjang keberhasilan siswa dalam belajar.
Untuk menunjang kegiatan tersebut di atas fasilitas yang telah tersedia di Pesantren ini adalah lapangan olah raga, ruang kelas, asrama, perpustakaan, laboratorium computer, aula, dapur umum, kamar mandi, toilet dan perumahan guru.